COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-14 17:00:00 13.587370 13.587370 14.324528
2021-02-13 17:00:00 14.393295 14.393295 14.339165
2021-02-12 17:00:00 14.944875 14.944875 14.372611
2021-02-11 17:00:00 14.761464 14.761464 14.398933
2021-02-10 17:00:00 13.137694 14.455961 14.406406
2021-02-09 17:00:00 12.851202 12.851202 14.353644
2021-02-08 17:00:00 14.518626 14.518626 14.425197

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-14 17:00:00 6.230704 6.230704 9.397659
2021-02-13 17:00:00 11.616739 11.616739 9.641978
2021-02-12 17:00:00 9.454449 9.454449 9.640611
2021-02-11 17:00:00 8.051290 14.300847 9.935672
2021-02-10 17:00:00 5.033665 8.464753 10.208287
2021-02-09 17:00:00 6.615427 6.615427 10.218251
2021-02-08 17:00:00 1.315884 4.960237 10.137831

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-14 17:00:00 14.829659 14.829659 17.041265
2021-02-13 17:00:00 13.815789 13.815789 16.680495
2021-02-12 17:00:00 17.441860 17.441860 16.399384
2021-02-11 17:00:00 20.689655 20.689655 15.981641
2021-02-10 17:00:00 21.510297 21.510297 15.876523
2021-02-09 17:00:00 17.966102 17.966102 15.487707
2021-02-08 17:00:00 14.705882 15.862069 15.598160

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-14 17:00:00 7.420147 7.420147 7.329930
2021-02-13 17:00:00 9.697218 9.697218 7.329500
2021-02-12 17:00:00 4.976201 4.976201 7.458551
2021-02-11 17:00:00 7.568807 7.568807 7.483205
2021-02-10 17:00:00 8.942750 8.942750 7.458769
2021-02-09 17:00:00 7.727086 7.727086 7.430871
2021-02-08 17:00:00 8.830846 5.881135 7.524311

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-14 17:00:00 11.449182 11.449182 14.202800
2021-02-13 17:00:00 13.677550 13.677550 14.330554
2021-02-12 17:00:00 14.562761 14.562761 14.484879
2021-02-11 17:00:00 13.869330 13.869330 14.593589
2021-02-10 17:00:00 12.450503 12.450503 14.669467
2021-02-09 17:00:00 16.712580 21.028466 14.690343
2021-02-08 17:00:00 28.636802 14.004269 14.928810

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-14 17:00:00 28.347975 28.347975 26.063809
2021-02-13 17:00:00 29.795755 29.795755 25.951152
2021-02-12 17:00:00 29.986352 26.408657 25.897456
2021-02-11 17:00:00 24.944362 24.944362 25.638283
2021-02-10 17:00:00 16.902944 24.245729 25.494539
2021-02-09 17:00:00 24.690422 19.145601 25.372951
2021-02-08 17:00:00 45.318619 25.215411 25.646384

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-14 17:00:00 11.446741 11.446741 13.527304
2021-02-13 17:00:00 13.901869 13.901869 13.816397
2021-02-12 17:00:00 13.835878 13.835878 14.012618
2021-02-11 17:00:00 16.178797 16.178797 14.303777
2021-02-10 17:00:00 12.065508 12.065508 14.723681
2021-02-09 17:00:00 11.605996 11.605996 15.047558
2021-02-08 17:00:00 16.645649 16.645649 14.876358

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-14 17:00:00 5.309793 5.309793 5.712754
2021-02-13 17:00:00 6.149919 6.149919 5.646312
2021-02-12 17:00:00 6.236042 6.236042 5.594316
2021-02-11 17:00:00 6.682088 6.682088 5.604331
2021-02-10 17:00:00 5.732306 5.732306 5.619939
2021-02-09 17:00:00 4.338028 4.338028 5.619867
2021-02-08 17:00:00 11.864664 4.420702 5.567433

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-14 17:00:00 15.792507 11.438113 13.048420
2021-02-13 17:00:00 12.101654 12.101654 13.310735
2021-02-12 17:00:00 12.590064 12.590064 13.447888
2021-02-11 17:00:00 12.709163 12.709163 13.641343
2021-02-10 17:00:00 14.124951 14.124951 13.845783
2021-02-09 17:00:00 11.115917 11.115917 14.026213
2021-02-08 17:00:00 14.039566 14.039566 14.275867

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-14 17:00:00 20.438181 20.438181 21.058861
2021-02-13 17:00:00 22.690583 22.690583 21.054079
2021-02-12 17:00:00 21.853101 21.853101 20.646516
2021-02-11 17:00:00 20.496842 20.496842 20.476022
2021-02-10 17:00:00 20.649989 20.649989 20.221148
2021-02-09 17:00:00 23.013737 23.013737 19.653690
2021-02-08 17:00:00 18.484097 18.484097 19.368902

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-14 17:00:00 14.460285 14.460285 12.773293
2021-02-13 17:00:00 10.427394 10.427394 12.735388
2021-02-12 17:00:00 15.084944 15.084944 12.726136
2021-02-11 17:00:00 11.707533 15.882529 12.778584
2021-02-10 17:00:00 12.108139 12.108139 12.800690
2021-02-09 17:00:00 8.176863 8.176863 12.603468
2021-02-08 17:00:00 25.560538 12.245820 12.580713

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-14 17:00:00 8.811959 14.249364 10.848573
2021-02-13 17:00:00 8.295455 8.295455 10.791483
2021-02-12 17:00:00 10.764588 10.764588 10.836111
2021-02-11 17:00:00 11.755486 11.755486 10.931017
2021-02-10 17:00:00 14.486922 8.249497 10.927788
2021-02-09 17:00:00 5.343511 10.152284 10.952045
2021-02-08 17:00:00 13.312203 13.312203 10.972176

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-14 17:00:00 62.302839 62.302839 89.726309
2021-02-13 17:00:00 97.603834 97.603834 90.822906
2021-02-12 17:00:00 86.720867 86.720867 90.389888
2021-02-11 17:00:00 95.371669 95.371669 91.027423
2021-02-10 17:00:00 115.519766 115.519766 91.037482
2021-02-09 17:00:00 228.164557 101.122020 91.193325
2021-02-08 17:00:00 74.127907 89.357291 89.215593

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-14 17:00:00 67.338710 67.338710 NaN
2021-02-13 17:00:00 66.935484 66.935484 NaN
2021-02-12 17:00:00 83.269962 83.269962 NaN
2021-02-11 17:00:00 65.544041 65.544041 NaN
2021-02-10 17:00:00 89.970501 89.970501 NaN
2021-02-09 17:00:00 58.781362 58.781362 NaN
2021-02-08 17:00:00 29.729730 94.819820 NaN

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-14 17:00:00 13.725000 13.725000 12.585138
2021-02-13 17:00:00 13.358302 13.358302 12.680413
2021-02-12 17:00:00 16.227824 16.227824 12.777456
2021-02-11 17:00:00 18.819247 11.348528 12.995064
2021-02-10 17:00:00 10.764280 10.764280 13.093887
2021-02-09 17:00:00 10.255136 10.255136 13.204777
2021-02-08 17:00:00 18.435115 8.812261 13.454380

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-14 17:00:00 56.264412 56.264412 29.343493
2021-02-13 17:00:00 26.884780 26.884780 28.770603
2021-02-12 17:00:00 26.106987 26.106987 28.524484
2021-02-11 17:00:00 37.760968 37.760968 28.274621
2021-02-10 17:00:00 23.973839 23.973839 27.908736
2021-02-09 17:00:00 15.752949 15.752949 27.016928
2021-02-08 17:00:00 13.839941 34.342878 27.118711

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-14 17:00:00 5.303514 5.303514 4.848489
2021-02-13 17:00:00 3.717949 3.717949 4.942279
2021-02-12 17:00:00 4.097975 4.097975 5.131167
2021-02-11 17:00:00 4.392129 4.392129 5.437529
2021-02-10 17:00:00 6.399046 6.399046 5.528632
2021-02-09 17:00:00 5.636743 3.554190 5.525106
2021-02-08 17:00:00 5.137615 5.137615 5.588603

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-14 17:00:00 13.030468 9.111661 10.983648
2021-02-13 17:00:00 10.659600 10.659600 11.213147
2021-02-12 17:00:00 8.630691 8.630691 11.296622
2021-02-11 17:00:00 12.947189 12.947189 11.483038
2021-02-10 17:00:00 12.714965 12.714965 11.715024
2021-02-09 17:00:00 13.726937 13.726937 12.044746
2021-02-08 17:00:00 11.658537 8.657068 12.390207

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-14 17:00:00 7.702932 7.702932 7.982842
2021-02-13 17:00:00 7.580117 7.580117 8.100949
2021-02-12 17:00:00 7.606194 7.606194 8.232679
2021-02-11 17:00:00 8.993964 7.122736 8.384889
2021-02-10 17:00:00 7.082542 7.082542 8.393402
2021-02-09 17:00:00 6.291667 9.763889 8.411922
2021-02-08 17:00:00 12.137387 12.137387 8.345950

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-14 17:00:00 25.325239 25.325239 24.173816
2021-02-13 17:00:00 25.840179 25.840179 24.162761
2021-02-12 17:00:00 33.021390 24.665775 24.403250
2021-02-11 17:00:00 23.018389 23.018389 24.504568
2021-02-10 17:00:00 25.105868 25.105868 24.817467
2021-02-09 17:00:00 21.626298 26.445698 24.738414
2021-02-08 17:00:00 90.047393 13.408610 24.788106

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-14 17:00:00 4.629630 5.586592 10.003270
2021-02-13 17:00:00 9.473684 9.473684 10.307006
2021-02-12 17:00:00 10.227273 10.227273 10.411085
2021-02-11 17:00:00 10.465116 10.465116 10.685785
2021-02-10 17:00:00 7.526882 7.526882 10.954232
2021-02-09 17:00:00 15.384615 15.384615 10.670096
2021-02-08 17:00:00 26.530612 14.942529 10.416832

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-14 17:00:00 22.489083 22.489083 24.433060
2021-02-13 17:00:00 26.039305 26.039305 24.702065
2021-02-12 17:00:00 27.906977 27.906977 24.697838
2021-02-11 17:00:00 23.266513 23.266513 24.899312
2021-02-10 17:00:00 26.436782 26.436782 24.789090
2021-02-09 17:00:00 25.905395 25.905395 24.853118
2021-02-08 17:00:00 29.885057 16.455696 24.655740

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 6.230704 6.230704 9.397659
Basilicata 14.829659 14.829659 17.041265
Calabria 7.420147 7.420147 7.329930
Campania 11.449182 11.449182 14.202800
Emilia-Romagna 28.347975 28.347975 26.063809
Friuli Venezia Giulia 11.446741 11.446741 13.527304
Lazio 5.309793 5.309793 5.712754
Liguria 15.792507 11.438113 13.048420
Lombardia 20.438181 20.438181 21.058861
Marche 14.460285 14.460285 12.773293
Molise 8.811959 14.249364 10.848573
P.A. Bolzano 62.302839 62.302839 89.726309
P.A. Trento 67.338710 67.338710 NaN
Piemonte 13.725000 13.725000 12.585138
Puglia 56.264412 56.264412 29.343493
Sardegna 5.303514 5.303514 4.848489
Sicilia 13.030468 9.111661 10.983648
Toscana 7.702932 7.702932 7.982842
Umbria 25.325239 25.325239 24.173816
Valle d'Aosta 4.629630 5.586592 10.003270
Veneto 22.489083 22.489083 24.433060

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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